وظایف و اختیارات شورایعالی مالیاتی بشرح زیر است:
۱ (اصلاحی ۱۳۸۰/۱۱/۲۷) - تهیه آئین نامهها و بخشنامههای مربوط به اجرای این قانون در مواردی که از طرف وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتیکشور ارجاع میگردد و یا در مواردی که شورای عالی مالیاتی تهیه آن را ضروری میداند پس از تهیه به رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور پیشنهاد کند.
۲ (اصلاحی ۱۳۸۰/۱۱/۲۷) - بررسی و مطالعه به منظور پیشنهاد و اعلام نظر در مورد شیوه اجرای قوانین و مقررات مالیاتی و همچنین پیشنهاد اصلاح و تغییر قوانین ومقررات مالیاتی و یا حذف بعضی از آنها به وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کلسازمان امور مالیاتی کشور.
۳ (اصلاحی ۱۴۰۰/۰۳/۰۲) - اظهار نظر در مورد موضوعات و مسائل مالیاتی که وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کلسازمان امور مالیاتی کشور حسب اقتضاء برای مشورت و اظهار نظر به شورای عالیمالیاتی ارجاع مینماید، در موارد موضوع این بند نظر اکثریت اعضای هیأت عمومی شورایعالی مالیاتی موضوع ماده (۲۵۸) این قانون پس از تنفیذ وزیر امور اقتصادی و دارایی یا رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور، حسب مورد، برای کلیه مأموران و مراجع مالیاتی لازمالاتباع است.
۴ (اصلاحی ۱۳۸۰/۱۱/۲۷) - رسیدگی به آراء قطعی هیأتهای حل اختلاف مالیاتی که از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقض رسیدگی مورد شکایتمؤدی یا اداره امور مالیاتی واقع شده باشد.