رسیدگی به جرائم قاچاق كالا و ارز سازمان یافته و حرفه ای، قاچاق كالاهای ممنوع و قاچاق كالا و ارز مستلزم حبس و یا انفصال از خدمات دولتی در صلاحیت دادسرا و دادگاه انقلاب است. سایر پرونده های قاچاق كالا و ارز، تخلف محسوب و رسیدگی به آن در صلاحیت سازمان تعزیرات حكومتی است. چنانچه پرونده ای، متهمان متعدد داشته و رسیدگی به اتهام یكی از آنان در صلاحیت مرجع قضائی باشد، به اتهامات سایر اشخاص نیز در این مراجع رسیدگی می شود.
تبصره(اصلاحی ۱۳۹۴/۰۷/۲۱) - در صورتی كه پس از ارجاع پرونده به سازمان تعزیرات حكومتی و انجام تحقیقات محرز شود رسیدگی به جرم ارتكابی در صلاحیت مرجع قضائی است، شعبه مرجوعٌ الیه مكلف است بلافاصله قرار عدم صلاحیت خود را صادر كند. این قرار پس از تأیید مقام مافوق شعبه در سازمان تعزیرات حكومتی و یا در صورت عدم اعلام نظر آن مقام ظرف مدت یك هفته، قطعی است و پرونده مستقیماً به مرجع قضائی ذی صلاح ارسال می شود. همچنین در مواردی كه پرونده به تشخیص مرجع قضائی در صلاحیت تعزیرات حكومتی است، پرونده مستقیماً به مرجع مذكور ارسال میگردد و شعب سازمان تعزیرات حكومتی مكلف به رسیدگی می باشند. مقررات این تبصره از شمول ماده (۲۸) قانون آیین دادرسی دادگاههای عمومی و انقلاب (در امور مدنی) مصوب ۱۳۷۹/۰۱/۲۱ مستثنی است.