تمامی احكام و قواعد عمومی مربوط به جرائم و تخلفات موضوع این قانون به غیر از موارد پیش بینی شده، مطابق قانون مجازات اسلامی است. مقررات مربوط به تعلیق تعقیب، تعویق صدور حكم، معافیت از كیفر، تعلیق اجرای مجازات، مرور زمان، توبه و بایگانی كردن پرونده در مورد جرائم و تخلفات موضوع این قانون اعمال نمیگردد. در خصوص پرونده های با ارزش بیشتر از ده میلیارد (۰۰۰ /۰۰۰ /۰۰۰ /۱۰) ریال، سازمان یافته، حرفه ای، بند «ت» ماده (۲۲) و یا ماده (۳۵) این قانون و تبصره های آن، اعمال احكام مواد (۱۸۰) و (۲۳۷) قانون آیین دادرسی كیفری جایز است.
تبصره ۱(الحاقی ۱۴۰۰/۱۱/۱۰) - در تخلفات و جرائم موضوع این قانون ملاك تعیین میزان جریمه یا جزای نقدی یا ضبط كالا یا ارز یا وسیله حمل یا محل نگهداری یا أخذ معادل آنها، مجموع ارزش مربوط به دفعات متعدد ارتكاب جرم یا تخلف ارتكابی است كه منتج به صدور رأی محكومیت قطعی نشده است.
تبصره ۲(الحاقی ۱۴۰۰/۱۱/۱۰) - مجازات معاونت در جرائم و یا تخلفات موضوع این قانون، حسب مورد حداقل مجازات جرم و یا جریمه تخلف ارتكابی است.
تبصره ۳(الحاقی ۱۴۰۰/۱۱/۱۰) - چنانچه شخصی بدون دخالت در عملیات مادی، دستور یا سفارش ارتكاب جرائم یا تخلفات موضوع این قانون را داده باشد یا كالا یا ارز قاچاق یا عواید و سود حاصل از آن متعلق به وی باشد، به مجازات مباشر جرم یا تخلف ارتكابی محكوم میگردد. این مجازات مانع از اعمال مجازات مباشر نیست.
تبصره ۴(الحاقی ۱۴۰۰/۱۱/۱۰) - چنانچه جرائم یا تخلفات موضوع این قانون به تنهایی و یا با در نظرگرفتن دیگر جرائم یا تخلفات این قانون به نحو ساز مان یافته ارتكاب یافته باشد، هر یك از اعضای گروه سازمان یافته به حداكثر مجازات مقرر برای رفتار ارتكابی خود محكوم می شوند. در هر مورد كه مجازات فاقد حداقل و حداكثر باشد، نصف مجازات مقرر قانونی به اصل آن اضافه میگردد. در صورتی كه قاچاق به تنهایی، به نحو سازمان یافته ارتكاب یافته باشد، وفق مواد (۲۸) و (۲۹) این قانون عمل خواهد شد.
تبصره ۵ (الحاقی ۱۴۰۰/۱۱/۱۰) - احكام، آثار و مجازات های قاچاق مذكور در مواد (۳)، (۵)، (۶)، (۸) الی (۱۲)، (۱۶)، (۱۹)، (۲۰)، (۳۰) الی (۳۲)، (۳۴) الی (۳۶)، (۳۸) الی(۵۰)، (۵۳) الی (۶۰)، (۶۵) الی (۶۸)، (۷۰)، (۷۱)، (۷۳)، (۷۴) و (۷۷) این قانون و تبصره های این مواد، در مورد همه جرائم و تخلفات موضوع این قانون به جز تبصره (۵) ماده (۲مكرر) جاری است.