پس از انقضای مواعد (مهلتها) مذكور در ماده (۳) این قانون، صورتحساب هایی كه در سامانه مؤدیان ثبت نشده باشد، معتبر نبوده و قابل استناد در مراجع دادرسی مالیاتی نخواهد بود.
تبصره ۱ - ذی حسابان و مدیران مالی دستگاههای اجرائی موضوع ماده (۵) قانون مدیریت خدمات كشوری مصوب ۸ /۷ /۱۳۸۶ و اصلاحات و الحاقات بعدی آن مكلفند در پذیرش اسناد هزینه ای، مفاد این ماده را رعایت كنند.
تبصره ۲ - سازمان مكلف است امكان راستی آزمایی صورتحساب های موضوع این ماده را برای خزانهداری كل، دیوان محاسبات كشور و سایر دستگاههای نظارتی حسب مورد فراهم كند.
تبصره ۳ (الحاقی ۱۴۰۴/۰۴/۰۸) - صورتحساب های مشمولان تبصره (۱) ماده (۲) این قانون از حكم این ماده مستثنی هستند.
تبصره ۴ (الحاقی ۱۴۰۴/۰۴/۰۸) - اشخاص موضوع ماده (۱۲) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۴۰۰/۳/۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی كه حجم معاملات سالانه آنها از مبلغ تعیین شده مطابق ماده مذكور كمتر باشد، می توانند از معافیت موضوع ماده (۱۴ مكرر) این قانون استفاده كنند و در غیر این صورت مكلف به صدور صورتحساب الكترونیكی در سامانه مؤدیان هستند و مشمول حكم این ماده می شوند.
تبصره ۵ (الحاقی ۱۴۰۴/۰۴/۰۸) - سازمان موظف است صرفاً هزینههای دارای صورتحساب الكترونیكی را به عنوان هزینههای قابل قبول مالیاتی موضوع فصل دوم باب چهارم قانون مالیات های مستقیم بپذیرد. مؤدیان می توانند مشروط به اعلام هزینههای فاقد صورتحساب الكترونیكی به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی از طریق كارپوشه تجاری، نسبت به ثبت اعتراض به مالیات متعلق اقدام نمایند. سازمان موظف است هزینههای اعلام شده توسط مؤدی از طریق كارپوشه تجاری را مورد رسیدگی قرار دهد. عدم رسیدگی به موارد فوق بر اساس احكام موضوع مواد (۱۵۶) و (۱۵۷) قانون مالیات های مستقیم توسط سازمان به منزله تأیید هزینههای اعلام شده به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی است. همچنین در صورتی كه این موارد از طریق كارپوشه تجاری به تأیید فروشنده برسد، فروشنده تكلیفی برای صدور صورتحساب الكترونیكی ندارد و مشمول جریمه های مربوط به عدم صدور صورتحساب الكترونیكی نمیشود.
تبصره ۶ (الحاقی ۱۴۰۴/۰۴/۰۸) - هزینههای مؤدیانی نظیر عرضه كنندگان كالاهای مستعمل كه به دلیل ماهیت كسب وكار آنها، عمده خرید آنها از اشخاصی است كه امكان صدور صورتحساب الكترونیكی ندارند، مشروط به اعلام مؤدی از طریق كارپوشه تجاری، قابل پذیرش میباشد و سازمان موظف است هزینههای فوق را مورد رسیدگی مالیاتی قرار دهد. عدم رسیدگی به موارد فوق بر اساس احكام موضوع مواد (۱۵۶) و (۱۵۷) قانون مالیات های مستقیم توسط سازمان به منزله تأیید هزینههای اعلام شده به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی است. فهرست مؤدیان مذكور حداكثر تا پایان دی ماه هر سال برای سال بعد، توسط وزارت امور اقتصادی و دارایی تعیین و اعلام میشود.
تبصره ۷ (الحاقی ۱۴۰۴/۰۴/۰۸) - هزینههایی كه مطابق ماده (۵) این قانون امكان صدور صورتحساب الكترونیكی ندارند از قبیل زیان تسعیر ارز و واردات كالا و خدمات صرفاً با اعلام مؤدی از طریق كارپوشه تجاری قابل پذیرش هستند. همچنین اشخاص تجاری مكلفند آن بخش از درآمدهای خود از قبیل صادرات و سود تسعیر ارز را كه امكان صدور صورتحساب الكترونیكی مطابق ماده (۵) این قانون ندارند، در سامانه مؤدیان ثبت نمایند؛ عدم ثبت درآمدهای مذكور، مشمول حكم ماده (۹) این قانون میشود.