فرایند كلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مؤدیان به صورت زیر است:
الف - صورتحساب الكترونیكی، توسط فروشنده از طریق سامانه مؤدیان صادر میشود. در مورد مؤدیانی كه مستقیماً با مصرف كننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الكترونیكی، توسط پایانه فروشگاهی انجام میشود.
ب - در صورتی كه خریدار، مصرف كننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مؤدیان باشد، صورتحساب الكترونیكی صادر شده توسط فروشنده، به صورت خودكار به كارپوشه وی در سامانه مؤدیان منتقل میشود و بهعنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور میشود.
تبصره - مؤدیان مالیاتی مكلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الكترونیكی در كارپوشه مؤدیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب ها اقدام كنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذكور به منزله تأیید صورتحساب مربوط میباشد.
پ - در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدی كه عبارت است از ما به التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه میشود.
در صورتی كه مالیات فروش مؤدی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، مؤدی موظف است ما به التفاوت را به ترتیبی كه سازمان مقرر می كند، به حساب سازمان واریز كند. متقابلاً در صورتی كه مالیات فروش مؤدی كمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه ما به التفاوت را به مؤدی مسترد كند.
ت (اصلاحی ۱۴۰۴/۰۴/۰۸) - پس از اتمام مواعید مقرر در ماده (۳) این قانون، مأموران مالیاتی جز در مواردی كه در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدیان دخالت كنند.
ث - به منظور تكمیل اطلاعات سازمان در خصوص مؤدیانی كه عضو سامانه مؤدیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الكترونیكی اقدام به فروش می كنند، سامانه مؤدیان باید به گونه ای طراحی شود كه مؤدی بتواند خریدهای خود را كه فروشنده برای آنها صورتحساب الكترونیكی صادر نكرده است، به سازمان اطلاع دهد.
تبصره ۱ (اصلاحی ۱۴۰۲/۰۸/۲۳) - بانك مركزی جمهوری اسلامی ایران موظف است ظرف دو ماه، مطابق ساختار اعلامی توسط سازمان، به رسید پرداخت صادر شده توسط دستگاههای كارتخوان و گزارش الكترونیكی دریافتی از درگاههای الكترونیكی پرداخت، شماره منحصر به فرد مالیاتی تخصیص دهد و آن را در رسید یا گزارش پرداخت مذكور درج نماید. همچنین بانك مركزی موظف است اطلاعات رسید یا گزارش پرداخت هر روز را حداكثر تا پایان روز بعد به سامانه مؤدیان منتقل كند.
تبصره ۲ (الحاقی ۱۴۰۲/۰۸/۲۳) - گمرك جمهوری اسلامی ایران موظف است امكان انتقال الكترونیكی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردكنندگان را به سامانه مؤدیان از طریق مركز ملی تبادل اطلاعات فراهم كند.
تبصره ۳ (الحاقی ۱۴۰۲/۰۸/۲۳) - كلیه دستگاههای اجرائی موضوع ماده ((۲۹)) قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۹۵/۱۲/۱۴ و ماده (۵) قانون مدیریت خدمات كشوری و سازمان های وابسته به آنها كه حسب مقررات قانونی متولی رصد و دریافت اطلاعات مربوط به جریان كالا و خدمات از مبادی تولید و واردات تا سطح خرده فروشی از طریق سامانه های دولتی از قبیل سامانه جامع تجارت ایران و سامانه ثبت الكترونیكی معاملات نفتی (ثامن) موضوع قانون مبارزه با قاچاق كالا و ارز مصوب ۱۳۹۲/۱۰/۳ با اصلاحات و الحاقات بعدی می باشند، موظفند با رعایت الزامات صدور صورتحساب الكترونیكی موضوع این قانون اطلاعات مذكور را به ترتیبی كه سازمان مقرر می كند به سامانه مؤدیان منتقل كنند. در این صورت مؤدیان تكلیفی در خصوص ثبت مجدد اطلاعات یا صدور مجدد صورتحساب الكترونیكی معاملات مذكور ندارند.